El Secretario General es la mayor autoridad civil de la OTAN y tiene como principales responsabilidades impulsar las consultas y toma de decisiones en la Alianza, asegurar que estas se llevan a cabo, y servir como portavoz de la organización.
Jaap de Hoop Scheffer ocupó el cargo de Secretario General de la OTAN en enero de 2004, para un mandato inicial de cuatro años, período que aceptó prolongar hasta 2009 para preparar y presidir las celebraciones del 60 aniversario de la Alianza.