su llegada al Cuartel General de la Armada, Don Juan Carlos fue recibido por el almirante jefe de Estado Mayor de la Armada, almirante general Teodoro Esteban López Calderón y el director del Órgano de Historia y Cultura Naval de la Armada, vicealmirante Fernando Zumalacárregui Luxán. Seguidamente, recibió honores a cargo de un piquete de Guardia Militar.
El Museo Naval de Madrid es una entidad de titularidad estatal, con categoría nacional, dependiente del Ministerio de Defensa con dependencia orgánica del Almirante Jefe del Estado Mayor de la Armada y regida por su Real Patronato, cuya presidencia de honor corresponde a Su Majestad el Rey Don Juan Carlos. El museo se ha concebido como una institución viva y abierta al gran público, que además de la conservación, estudio, exposición e incremento de sus fondos, sirva de instrumento de comunicación y educación de la historia marítima de España para salvaguardar sus tradiciones y promover la conciencia marítima nacional.
Sus objetivos prioritarios se enmarcan en el fomento del conocimiento de la historia de la Marina Española, la construcción naval, la náutica y sus ciencias auxiliares (cosmografía, cartografía e instrumentos), la historia de los viajes marítimos y los descubrimientos, la arqueología subacuática y el patrimonio inmaterial marinero.
El origen del Museo se remonta a 1792, cuando Antonio Valdés y Fernández Bazán, secretario de Estado de Marina de Carlos IV, promueve la creación de un Museo de Marina en la población de San Carlos (Cádiz). Se trataba de un proyecto ilustrado pensado con vocación didáctica para contribuir a la instrucción de los guardiamarinas. Con este objetivo, comenzó la recogida de materiales para formar las colecciones. El capitán de navío José Mendoza y Ríos fue comisionado a Francia y Gran Bretaña para comprar libros, cartas, instrumentos náuticos y modelos de buques, y los tenientes de navío Martín Fernández de Navarrete, José de Vargas Ponce y Juan Sanz y de Barutell visitaron los archivos españoles y copiaron los manuscritos referentes a asuntos de Marina. Sin embargo, la sustitución de Valdés al frente del Ministerio y los acontecimientos políticos de finales del siglo XVIII y principios del XIX frustraron este proyecto. Los fondos bibliográficos fueron enviados a la Biblioteca del Depósito Hidrográfico y los instrumentos científicos pasaron al Observatorio de la Marina en Cádiz.
La iniciativa fue retomada cincuenta años más tarde con modificaciones sobre el proyecto original. El museo se instaló finalmente en Madrid perdiendo su función docente para ofrecer un panorama de la Marina de su tiempo. De este modo el 19 de octubre de 1843, Isabel II inaugura el museo en el Palacio de los Consejos, en la calle Mayor. Desde entonces, ha pasado por varias sedes para ajustarse a sus necesidades.
En 1845, el rápido incremento de los fondos aconsejó su traslado a la Casa del Platero en la calle Bailén desde donde pasó en 1853 a la que había sido la casa de Manuel Godoy, el Palacio de los Ministros, junto al actual Senado. En esta nueva sede, la reina Isabel II reinauguraba el museo en una solemne ceremonia y se distribuía el primer catálogo de los fondos de la colección. En 1930 un Real Decreto creó el Real Patronato del Museo Naval, del que Alfonso XIII sería presidente de honor. En 1932 el museo se trasladó al recién inaugurado Ministerio de Marina, actual Cuartel General de la Armada.